Nel XIII secolo per iniziativa dell’ arcivescovo Matteo di Capua e del cardinale amalfitano Pietro Capuano, furono realizzate l'atrio della Cattedrale e la Cripta.

In particolare, la cripta, fatta costruire dal Capuano per ospitarvi le spoglie di S. Andrea Apostolo da lui trasportate da Costantinopoli in occasione della IV  Crociata, evidenzia un ambiente ricavato nell’ area del cortile dell’ ex – palazzo ducale, diviso da una fila di colonne su cui poggiano volte a crociera, che nel XIV secolo furono affrescate con il motivo del “coelum stellatum”  (cielo azzurro con stelle d’ oro).

La cripta nei primi anni del XVII secolo, per interessamento del re di Spagna del viceré di Napoli, subì una totale trasformazione, in base alla quale fu realizzato un ciclo di affreschi sulla Passione di Cristo. Un affresco in particolare, opera di Aniello Falcone, rievoca l’ arrivo di S. Andrea Apostolo (8 maggio 1208) e costituisce un documento storico a riguardo della cattedrale di Amalfi prima delle trasformazioni barocche. Nella cripta fu realizzato l’altare sopra la tomba dell’ Apostolo, che presenta la statua bronzea di S. Andrea, opera di Michelangelo Naccherino (allievo del Buonarroti), nonché le statue marmoree di S. Stefano e S. Lorenzo, opere di Pietro Bernini. Marmi policromi fiorentini coprono i pilastri ed alcune pareti; mentre l’ emblema imperiale della casa spagnola campeggia sui vetri delle finestre.